分子病理诊断的临床应用将会进一步扩展经典病理学诊断的内涵，将传统的形态诊断外延到肿1瘤发生易感性、基因与染色体变化、基因路径与基1因治1疗、生物学行为评估、对药1物治1疗反应的评价、临床预后的预测等医1疗全过程之中。 分子病理学是与分子生物学、细胞遗传学等学科相互渗透，在蛋白质和核酸等生物大分子水平上研究疾病病因、发病机制、形态变化及功能损害等方面发生1发展规律的新的分支学科，对疾病的病因、发生1发展、发病机制及形态变化，从传统形态学概念深入至分子或基因水平，分子病理已成为肿1瘤病理研究中重要的内容和手段。
基因芯片又称DNA芯片或DNA微阵列。其原理是在固体载体(硅片、玻片、硝1酸纤维素膜)上按照特定的排列方式集成大量已知DNA/cDNA片段，形成DNA/cDNA微矩阵。 基因芯片技术是一门新兴的技术，由于该技术能在一次实验中自动、快速、敏感地同时检测数千条序列，擅长植物原位杂交的公司，而且获得的序列信息高度特异、稳定。根据探针类型分为DNA芯片和cDNA芯片，前者用于检测基因突变，实现肿1瘤早期诊断、判断预后及治1疗;后者用于检测基因表达，对肿1瘤进行发现性分类和预测性分类。
首先，分子病理诊断为的诊断及鉴别诊断提供了依据，当遇到少见疑难或罕见病例时，尤其是通过形态学和免yi组化染色仍不能确定的类型，这时候就需要借助分子病理技术，从基因水平来判断疾病的异常情况，协助病理医生作出相对准确的诊断并判断该疾病的预后及转归。应用领域广泛的要数软组织和骨、淋巴造血系统，因为这些系统的相似而不同，单靠镜下表现和已知的已无法满足诊断需求。另外，分子病理检测也常常运用在分子分型中，比如大家熟知的分子分型，通过基因表达谱研究，可将分为管腔A型、B型，HER-2阳性型，基底样型。
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